Gemäß Bayerischem Hochschulgesetz sind die Organe des Studentenwerks der Geschäftsführer, die Vertreterversammlung und der Verwaltungsrat. Die Vertreterversammlung findet einmal pro Jahr statt. In dieses Gremium entsendet jede der elf vom Studentenwerk Erlangen-Nürnberg betreuten Hochschulen sieben Vertreter/innen. Eine der Hauptaufgaben der Vertreterversammlung besteht darin, alle zwei Jahre einen neuen Verwaltungsrat zu wählen.